Nach dem Studium der Rechtswissenschaften in Köln, Regensburg (E-Fellows-Stipendium) und Lausanne (Erasmus-Stipendium) dissertierte Univ.‑Prof. Dr. Bettina Spilker am Institut für Steuerrecht der Universität zu Köln (Stipendium der Hanns-Seidel-Stiftung).
Von 2007 bis 2010 und 2016 war sie Rechtsanwältin in München (nationales und internationales Steuer- und Wirtschaftsrecht). Bereits 2008 begann sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin am Lehrstuhl für Öffentliches Recht und Steuerrecht der Universität Regensburg. Von 2009 bis 2010 war sie als Lehrbeauftragte an der Universität Augsburg, Lehrstuhl für Öffentliches Recht und Steuerrecht, tätig. Weitere Lehrtätigkeiten folgten als Professurvertreterin an der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg und der Leibniz Universität Hannover sowie als Lehrbeauftragte an der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster, wo sie sich im Jahr 2015 habilitierte.
Seit August 2017 lehrt und forscht Spilker am Institut für Finanzrecht der Universität Wien. Ihre Forschungsschwerpunkte sind Unternehmenssteuerrecht mit besonderer Berücksichtigung der Umsatzsteuer sowie Verfahrensrecht und Finanzstrafrecht.